Onafhankelijke informatie over 
Business Intelligence, Datamining en Datawarehousing 
Onderdeel van BUSINESSsoftware.nl 

  CRM   |   ERP   |    CMS   |   DMS   |    HRM   |   logistiek   |    financieel   |   meer software

Vermelding    Adverteren    Contact    Home  

Erasmus MC zet Oracle's Exadata in voor DNA-onderzoek

• Het Erasmus MC in Rotterdam gaat Oracle's Exadata inzetten voor het opslaan en analyseren van DNA-variatiegegevens.
• Het universitair medisch centrum beperkt daarmee de benodigde opslagruimte voor de enorme hoeveelheden data aanzienlijk en query-responstijden van 12 minuten worden met Exadata terug gebracht naar enkele seconden.
• In de nabije toekomst bestaat de kans dat ziekenhuizen DNA-data beschikbaar moeten houden zolang de patiënt in leven is. DNA sequencing technologie zal vooral ingezet gaan worden in erfelijkheidsonderzoek en kanker diagnostiek.
• Daarnaast is een en ander tevens toepasbaar in microbiologie en het domein van de virologie.
• Een gemiddeld DNA-onderzoek resulteert in 1,5 TB aan ruwe data per persoon. Bij kankeronderzoek wordt DNA van een tumor met DNA van normaal weefsel, afkomstig van dezelfde patiënt, met elkaar vergeleken. Er is dus al sprake van 3 TB aan ruwe data. Dit betekent dat bio-informatica afdelingen te maken krijgen met enorme hoeveelheden data die moeten worden opgeslagen en geïnterpreteerd.
• Na een eerste demonstratie van Exadata door Oracle partner VX Company heeft Oracle samen VX Company en het bio-informatica team van Erasmus MC een speciaal datamodel ontwikkeld dat op de Exadata draait.
• Momenteel onderzoeken de wetenschappers de mogelijkheden de compressie te optimaliseren. Daarmee is het mogelijk om meer patiëntengegevens op te slaan en worden de query-responstijden versneld voor de genoom-variatieanalyse.
• Exadata is daarnaast goed schaalbaar. Om eenvoudig te kunnen opschalen als de behoefte aan storage en processing kracht toeneemt naar mate er meer 'patiënten-genomen' gesequenced zijn, maakt Oracle gebruik van een ‘legoblok principe’. Het kleinste model is een 1/4 rack machine, dat kan worden uitgebreid tot een halve of uiteindelijk een full rack machine. De configuratie is zelfs uit te bouwen tot een cluster van 8 full-rack machines.